战争、流寇甚至是叛忍又一次来到了这片土地。
两年多前，在鸣人和佐助到达这里时，雨之国就已经被几个有些实力的叛忍以及流寇再次分割。这些人四处为祸，打架斗殴、抢劫杀人甚至是更糟糕的事件时有发生。
鸣人的金发太显眼，变身术容易被有经验的忍者看穿，鹰小队先他们一步到达雨之国，双方汇合后香菱给鸣化了妆遮住了脸上的胡须又染了个黑发。在雨之国潜伏了几天后，经过几波打探，他们发现原来这些留在这里的流寇与叛忍都是奔着晓留下的‘宝藏’去的。
对此佐助嗤之以鼻，哪有什么宝藏？当初他与晓合作的时候，带土也不过只是给了鹰小队一人一件披风。再想到鼬那时消瘦的样子，佐助当时立即在心中给晓打上了‘穷’字的标签。
他们展开行动后，先后解决了不少人，他们不能使用大型忍术，但敌人并不顾忌这些。
为了不波及到平民，这场战争必须在最短的时间内解决。
不过他们在木叶休养的这半年他们也并不是白白休息的，两人加上一只尾兽都深受封印术的阴影，鸣人取回父母留在木叶的遗物后两人就主攻了封印术。
鸣人当时的右臂不能过多的使用体术，但忍术方面并没有这个顾忌，查克拉的频繁使用能使身体与右臂的契合度增加从而促进身体与右臂的完全统一。雨之国的动乱结束后，经过大蛇丸的检查，鸣人的手臂与身体已经完全融为一体，只要不拆下绷带，旁人根本看不出这只手臂与其他人有什么不同。而在决战时他们俩都能用单手相互配合结印，经过修养期间的修炼，两人在双人忍术的研发上也有了更大的突破。
忍者以外的流寇被丢进了关押普通人的监狱，而叛忍则被关进了晓在雨忍村中设立的水牢。
在水牢的上方，他们建立了一个‘天象转换之术’。
雨之国经常下雨，恶劣的天气环境也是雨之国生产力较低的原因之一。‘天象转换之术’能够改变这个现象，但改变天象需要大量的查克拉。起初大部分查克拉都来自鸣人与九尾，其次才是叛忍。补充查克拉并不麻烦，只是不能离开雨之国，所以除了忍籍考试和必要的事情，鸣人很少离开过雨之国。再之后，随着鸣人与佐助逗留在雨之国的消息传了出去，前来拜访实则别有用心的人越来越多。
只不过这些人无一例外都被关入了水牢。
“小樱说木叶的研发部门又发明了不少稀奇东西，佐助我们去看看吧？还有些新商铺，佐助你要是觉得哪家的东西好吃下次水月也好一起带回来。”鸣人晃了晃小樱的那封信道。
“好。”佐助没有拒绝。
宇智波族地回到了佐助的手中，只是依旧没有人居住，也没有任何改建。
每个月佐助和鸣人都会去清扫一遍，有时候佐助不能回来鸣人也会自己来，只是每当有人见到他们从宇智波族地走出时，佐助就觉得村子里这些人的表情很精彩。他们似乎不敢看他，眼神中有愧疚也有同情，不过佐助更清楚的知道，这些人心中更多的还是恐惧。
失去的终究无法再回来，在鸣人与他还在的时光里，宇智波族地会一直保留下去，恐惧也会永远存在他们的心底。
“鸣人。”佐助碰了碰鸣人脸上的猫须。
“嗯？”鸣人看了佐助一眼，又写了几个字。
“你真是个白痴。”佐助一脸面无表情。
“……”鸣人手上的笔一顿。
“我是不会变的，所以……你也不要改变哦，鸣人。”佐助嘴角扬起，笑容冷酷。
鸣人怔了怔，他很清楚佐助是在指什么，只是相比起那些，佐助诱哄的语气却让鸣人还是忍不住跑偏了思维。被佐助触碰的脸颊红了起来，鸣人用力点了点头，眼神有些躲闪的说道，“……所、所以我们可以先去解决别的事情吗我说？那里又……哇，疼疼疼，不能怪我啊！实在是你每次一这样我就……”就超级兴奋啊！
鸣人的话被佐助吞进了嘴里。
片刻后，桌上的文件和与其他忍者村来往的信件一件接一件落了地。
一时的动乱即使镇压，若是没有引导者，那么他们所做的一切努力依旧会付之东流。就像当初自来也教会长门小楠与弥彦拥有自保能力一样，雨之国的动乱平定后，他们在雨之国长住了下来。这个国家也成为了他们两人在这世界上的第一个据点，同样也是最早的改革开启点。
火之国大名与木叶签订的协议成立不久之后，大量物资运入木叶。
火之国大名原以为木叶至少需要个一两年才能恢复往日的气候，却没想到仅仅是半年的时间，村子的建筑设施就已经全部恢复了。而旗木卡卡西上任之后，大量人力资源被吸入木叶，令大名警醒的是，这些人并非忍者，而是没有查克拉的普通人。
忍者的生活物资来源于任务委托以及大名的资助，纲手与卡卡西所要做的就是脱离大名的资助。
一旦他们不再需要倚靠大名，那么忍村里的忍者就将不再只是大名手中的『工具』。
意识到这一点的大名立刻对木叶进行了施压，木叶的任务委托迅速减少，只是大名没有想到，九尾人柱力与宇智波末裔竟然留在了雨之国！
雨之国以前的大名只是『晓组织』的傀儡，而『晓组织』瓦解不久后就死了，也不知是死在了叛忍还是流寇的手上。人