吴应熊提拔郑成功为南京水师提督，也是想试探一下郑芝龙对待朝廷的态度。
郑芝龙收到郑成功的家书后，知道了在南京发生的一切，他感觉这吴应熊不简单，他竟然在李自成的眼皮底下，将太子朱慈烺带走；而且凭他一己之力，将刘泽清说灭就灭了，而且他还很快稳定了南京的局势，他召集弟弟郑芝凤等人开会商议。
郑芝凤说：“大哥，这不是好事，我看吴应熊是想把侄儿留在南京牵制我们。”
郑芝龙说：“现在吴三桂父子挟天子以令诸侯，我们不便与他翻脸。如果福松真的执掌大明水师，对我们郑家来说，倒是好事，也是他建功立业的大好机会，我们不管怎么样，得帮他。”
“大哥，怎么帮侄儿？”郑芝凤问道。
郑芝龙说：“福松在家书上请你南上帮忙，你去吧，要是情况不对，你就将他带回福建。”
郑芝凤说：“大哥放心，我一定将侄儿安全带回了。”
于是，郑芝凤带着三十六艘四百料福船，二百多艘唬船、鹰船、沙船组成的舰队铺满了江面，浩浩荡荡开往南京，长江面上尽是白色船帆，层层如云，翻涌如涛。郑芝凤带去的三十多艘全新的福船，千斤佛朗机炮就有上百门，看起来就挺吓人的。
郑芝凤带着船队到了南京，帮助郑成功将大明原有的三百多艘战船整合成了一支颇具战斗力的大明水师。
南京水师的大营设立在了九洑洲上。这里长约有十五六里，宽在一二里至六七里之间，位于长江主航道以北，与北岸相隔一条十余丈宽的水带，江边尽是是芦苇和茅草，大约驻扎了一万大明水师，控制江浦至金陵的水上通道。
几百艘战船在江面摆开，颇有气势，旌旗随着江风怒号。
水上实战演习开始，战船开动，大炮升起，轰隆！轰隆！
炮声如雷，江面上硝烟如雾，风帆隐现，喊杀声，枪声炮声，如钱塘潮涌，一浪高过一浪……
吴应熊和郑成功、郑芝凤等人坐船观战，在甲板上，郑芝凤对吴应熊说：“丞相请看，咱们大明水师的战船，分为大福船和福船，大福般柁三重，底尖上阔，首尾高昂，能容数百战士，但它吃水太深，起止迟重，机动性能不好，不宜海战，宜加以改进。”
“哦，郑先生说得对，你往下细说。”吴应熊对郑芝凤的专业表示赞赏，道。
郑芝凤说：“福船底尖上阔，船首昂起张开，尾部高耸，吃水约一丈五，舰首可备红夷大炮1门、旁可设千斤佛郎机6门、碗口铳3门，迅雷炮二十门，喷筒一百个，其傍皆护板，护以茅竹，竖立如垣，其帆桅二道。中有四层，最下层装压舱石，第三层放置淡水柜，第二层为士兵住所。最上一层为露台，需从第三层的梯爬上，两旁用板翼作栏，人靠在上面作战，矢石火炮皆俯瞰而发，这样就为海战利器。”
“丞相，福船高大如城，非人力可驱，全仗顺风顺潮，而回翔有所不便，又其吃水深，惟利空阔大洋，在里海则易胶浅，须跟哨船接济。所以，我大明水师还应多造小型战船相配合，如草撇船、海沧船、苍山船。”郑成功接着说道，“而且只造战船并不足以海上致胜，还应多造小型兵船，如网梭船、鹰船、连环船、子母船、火龙船等辅助战船。”
“就按照你们的意思办吧，本丞相只提一个小小的建议，就是在船头和船身，其实可以是包铁，铁甲战船，想一想应该很牢固，抗撞击或者炮击能力应该会提升不少。”吴应熊说。
这个时代的战船，都是木质风帆的，对于铁甲战船没有概念，郑成功有点怀疑，说：“铁船难道不会沉么？”
“找工匠试一试吧，万一不沉呢？”吴应熊笑着对郑成功说：“钱不是问题，而且南京火器局将会为大明的战船配备最新式火炮，希望你们能为大明组训练出一支无敌水师，恢复我大明水师的昔日雄风！”
“好的，丞相，战船上的大炮是应该更换了，现在战舰上的火炮远不如荷兰人的大炮。”郑成功点点头说。
“你们好好干，朝廷绝对不会亏待。”吴应熊走过去拍了拍郑成功的肩膀，笑道：“只要你们训练好了大明水师，就会建立奇功，到时候皇上会亲自召见嘉奖你们。”